Опыт организаторской и партийной работы пригодился ему в трудное время для страны и института военное время. Анатолий Еременко возглавил коллектив ХАИ. Обладая умение сплотить коллектив, который доверился ему безгранично, Анатолий Петрович в кратчайший срок перебазировал ХАИ в г. Казань. Эвакуация завершилась в октябре 1941 года. Институт был размещен на площадях Казанского авиационного института и вскоре возобновил свою работу. Академические занятия на новом месте начались 15 ноября 1941 года. Преподаватели, студенты оказывали помощи Красной Армии своими научными исследованиями по военной тематике и внедрением их в производство, непосредственной работой на оборонительных предприятиях во внеучебное время. В 1942 году возник вопрос о слиянии двух авиационных институтов в единый Казанский авиационный институт. «А как же Харьков ?» - возмущался Анатолий Петрович. Он нисколько не сомневался, что фашисты будут изгнаны из Украины, и не представлял себе Харьков без ХАИ. Еременко сделал все возможное, чтобы отстоять самостоятельность вуза.
     В апреле 1944 года ХАИ под руководством А.П. Еременко возвращается в Харьков. Картина, открывшаяся из взору, была ужасающей. Учебные корпуса, общежитие студентов, жилой дом преподавателей разрушены и разграблены оккупантами. Еременко составляет план возрождения вуза. Академические занятия временно проводятся на площадях авиатехникума по ул. Сумская18/20 и в здании сельскохозяйственного института по ул. Артема 44. Начинается восстановление корпусов ХАИ в Померках. И снова Анатолий Петрович успевает повсюду: и на учебные занятия, и на стройку по восстановлению разрушенных зданий. Городские власти откликаются на его просьбы о размещении студентов и преподавателей ХАИ, возвратившихся из Казани.
     О директоре ХАИ как о талантливом организаторе заговорили в области, к его мнению прислушиваются в городе. В марте 1946 года А.П. Еременко избирается заместителем председателя областного Совета депутатов, продолжая по совместительству работать старшим преподавателем в ХАИ. В последующие годы он служит в органах власти: председателем Совнархоза, министром легкой промышленности УССР, заместителем Председателя Совета Министров Украинской ССР.
     Вот как ветераны института оценили роль Анатолия Петровича в жизни крупнейшего вуза страны: « В коллективе ХАИ Вы прошли путь от студента до директора одного из лучших вузов нашего Министерства. Ваша принципиальность, требовательность в работе к себе и окружающим, чуткость к людям были той глубокой основой, на которой сложилась деловая сработанность всего институтского коллектива при выполнении нашего общего дела – воспитания инженерных кадров для авиационной промышленность Отчизны…Вы были признанным стойким нашим вожаком в это суровое время, с Вами вместе мы берегли честь нашего института…За труд и заслуги Вы награждены высшей наградой нашего государства – орденом Ленина, что делает честь и нам».
     А.П. Еременко избирался депутатом Верховного Совета УССР, награжден орденом Ленина (1945), значком «Отличник авиационной промышленности»(1944).